Esta colección exhibe las piezas que Antonis Benakis pudo reunir durante su estancia en Egipto a principios del siglo XX. Son unos 12.000 objetos de Africa del Norte, Egipto, Turquía, Persia e India, y abarca los orígenes del arte islámico, pasando por el periodo otomano hasta el siglo XX. En general, la colección incluye cerámicas, joyas, textiles, piezas de madera, estelas funerarias y diferentes objetos bélicos.

La colección de arte chino del museo Benaki consiste en 1.400 piezas de cerámica donadas en su mayoría por Giorgos Eumorphopoulos. Se incluyen objetos del s. 3000 AC hasta el s. XIX de nuestra era. También se exhiben cerámicas y bases chinas de la Dinastía Tang (618–907 DC), la Dinastía Song (960–1279 DC), y la dinastías Ming y Qing (1368–1644 DC y 1644–1911 DC respectivamente).

Esta colección es única en Grecia, pues exhibe artefactos procedentes de Colombia, Ecuador, Perú, Bolivia, Costa Rica y México, antes de la invasión hispana.

El museo Benaki da la oportunidad de contemplar alrededor de 30.000 juguetes de niños que van desde la época antigua hasta nuestros días, procedentes de distintas partes del mundo. Se pueden observar juguetes de niños hechos a mano y otros artículos relacionados con festividades, comerciales y deportivos.

La biblioteca del museo Benaki se fundó en 1931 y contiene más de 200.000 libros y 436 manuscritos, los cuales nos acercan a la historia, folclore, arte y religión de Grecia. También incluye una sección de libros sobre el arte islámico y lejano oriente. Aunque el acceso a estos libros es únicamente de referencia, los visitantes pueden adquirir copias de los mismos.

El banco de archivos del museo Benaki nos muestra documentos desde el nacimiento del cristianismo, del periodo bizantino y la era moderna, incluyendo fotografías de la II Guerra Mundial. Además incluye distintos documentos topográficos, planos y diseños que muestran la evolución de la arquitectura moderna del país.